Akibatnya, kasus-kasus kekerasan di pesantren – terutama yang tidak berizin – berpotensi terus terjadi di masa yang akan datang. Untuk itulah, Kementerian Agama dituntut segera melakukan perbaikan dalam tata kelola pesantren. Salah satu caranya, menurut Direktur Perhimpunan Pengembangan Pesantren dan Masyarakat (P3M) Sarmidi Husna adalah dengan mewajibkan setiap pesantren memiliki izin operasional dari Kementerian Agama